A região do Tapajós detém uma variedade de tipos de ecossistemas. No sul, possui grandes remanescentes da savana brasileira, denominada Cerrado. Ao norte, há uma grande porção de áreas de contato (ecótono), onde o Cerrado e a Floresta Amazônica se encontram. As áreas de contato entre a Floresta Amazônica e o Cerrado são caracterizadas por um clima altamente sazonal, pelo hiperciclo de nutrientes e carbono e pela hiperdinâmica da vegetação (Oliveira et al. 2017; Valadão et al. 2016). A região do Tapajós é considerada uma das principais zonas de endemismo da Amazônia, sendo caracterizada como uma área de barreira geográfica para determinadas espécies de aves. Ela também apresenta uma alta quantidade de endemismo para espécies de peixes. Entretanto, a maioria dos estudos sobre biodiversidade realizados na região restringe-se à porção norte do Tapajós, com inúmeras espécies ainda desconhecidas pela ciência. A área sob proteção legal pela criação de Áreas Protegidas (APs) compreende aproximadamente 10 milhões de hectares (em 34 APs) ou
22% de toda a região.

Toda essa diversidade de espécies da fauna e da flora tem sido historicamente manejada, desde tempos remotos, por povos indígenas e, mais recentemente, por comunidades tradicionais que habitam a região há centenas de anos. A diversidade de práticas de manejo florestal e da terra se reflete na rica sociobiodiversidade encontrada na região. As práticas de manejo florestal, agroflorestal, roçados e sistemas de queimadas permitiram a conservação e a dispersão de variedades e espécies agronômicas fundamentais para a subsistência, a segurança alimentar e a nutrição desses povos, assim como têm enorme relevância do ponto de vista econômico.

O Tapajós também possui uma formação geológica que leva a uma das maiores reservas de ouro do mundo. Em termos de extração ilegal, a maior parte está em Terras Indígenas, como a Terra Indígena Munduruku (povo Munduruku), Bau e as Terras Indígenas Mengrakoti (povo Kayapó). A mineração ilegal de ouro, a expansão das plantações de soja, as pastagens (para produção de carne) e a infraestrutura para extração/produção, armazenamento e transporte de commodities são as principais ameaças às pessoas e à biodiversidade na região do Tapajós.

A construção e a pavimentação de rodovias como a BR-163 e a BR-319 denominada Transamazônica, a instalação de portos e hidrovias e a construção de silos para atender ao comércio global de commodities e aos interesses de grandes corporações vêm modificando a paisagem e a dinâmica dos rios da região. A construção da ferrovia Ferrogrão, que liga as zonas de produção de soja no estado do Mato Grosso à estrutura portuária em consolidação no estado do Pará, tem como objetivo abrir caminho para a transformação do Arco Norte na nova e maior região de exportação do Brasil, encurtando a distância entre o Brasil e a Europa, o Brasil e os Estados Unidos e, principalmente, o Brasil e a China.